Cuando la Villa comienza su ascensión en la Historia de Castilla es a partir del año 1011, cunado el Conde castellano don Sancho García funda en ella el monasterio de san Salvador. Con el tiempo éste habría de convertirse en el cenobio más poderoso de Castilla, tanto desde el punto de vista espiritual como económico, al tener bajo su dominio más de 300 iglesias y de 200 villlas. Sus posesiones se extendían desde el Cantábrico hasta el Arlanzón, y desde el Pisuerga hasta las provincias de Huesca y Zaragoza. Reflejo de esta autoridad es el monumental templo que hoy en día se puede contemplar.
Fruto de este prestigio fue su elección en repetidas ocasiones, como Cámara y Corte de los condes soberanos y reyes, ordenando aquí que sus restos descansaran el postrero sueño.
En el momento de su fundación, año 1011, el monasterio se verá habitado por monjas y monjes al unísono, tal y como ocurría en la tradición visigótica. Doña Tigridia, la hija del conde fundador, regirá sus destinos hasta la reforma del 1033, momento en el cual se introduce la regla benedictina, de la mano de don Sancho el Mayor de Pamplona.
El fulgor que confieren al monasterio sus abades, como san Iñigo (1035-1068), le convierten en punto de destino de donaciones provenientes de reyes, nobles, obispos y pequeños propietarios. Los monarcas junto a esta masa de donaciones unían la cesión de determinados derechos regalianos, con lo que la abadía pasaba a detentar prerrogativas de carácter administrativo, tributario, judicial o militar, anteriormente exclusivas del poder real. Todo ello convertía al abad en un "señor" y al monasterio en un "señorio".
Durante los siglos XII y XIII fueron contínuas las disputas entre el abad de Oña y el obispado de Burgos, disputas que obligaron a varios papas a mediar. El fondo del enfrentamiento no fue otro que el destino de parte de los diezmos recaudados por el cenobio, y en los que el obispado deseaba participar. Tras varios años y diversas bulas papales, al monasterio oniense no le quedó más remedio que plegarse a tales exigencias y ceder pingües beneficios económicos, discurría el año 1218, tres años después 1221, el obispado de Burgos comenzaba la construcción de la catedral.
Los privilegios comerciales otorgados propician la creación de una colonia judía en la villa, colonia de la que aún se conservan restos.
Todo el patrimonio oniense pronto llegó a igualar, y casi superar, al de la mitra y cabildo catedralicio de Burgos, lo que originó largas disensiones y disputas entre los dos centros eclesiásticos. Estas disensiones necesitaron de la mediación pontíficia para su solución.